Человек после заражения умирает от лихорадки, вызывающей отек мозга. Основные симптомы болезни – лихорадка, головная боль, боли в мышцах, рвота, затрудненное дыхание, а в тяжелых случаях – судороги, энцефалит и кома. Смертность от вируса Nipah достигает 70%.