Перед проведенням колоноскопії потрібна спеціальна підготовка, яка включає дієту та очищення кишківника (це потрібно для якнайкращої видимості під час процедури). Колоноскопія зазвичай виконується під місцевою анестезією або під загальним наркозом (у медикаментозному сні).